Was im Ultra häufiger unterschätzt wird, ist die Versorgung mit Proteinen. Diese schwächen die katabolen und entzündlichen Effekte, die durch Ultramarathonlauf hervorgerufen werden, ab! Insbesondere bei sehr langen Events kommt es zu Muskelabbau und strukturellen Schäden, insbesondere bei Ultras mit vielen Höhenmetern und langen Downhill-Passagen.
Kleinere Proteinmengen (z. B. 5–10 g pro Stunde) können hier sinnvoll sein, um: